种植头发可能出现毛囊炎、瘢痕增生、术后肿胀等副作用，但多数可通过规范操作和术后护理避免。种植头发属于微创手术，其安全性主要取决于医生技术水平和个体恢复能力。
毛囊炎是种植头发后较常见的并发症，表现为移植区红肿疼痛，多因术中消毒不彻底或术后护理不当导致。轻度毛囊炎可通过局部消毒和抗生素软膏控制，严重者需口服头孢克洛胶囊等药物。瘢痕增生多发生于瘢痕体质者，术前需进行皮肤评估，术后可涂抹复方肝素钠尿囊素凝胶预防。术中过度提取毛囊可能损伤供区皮肤弹性，形成条索状瘢痕，此时需联合点阵激光治疗改善。
术后24-48小时可能出现前额、眼周肿胀，与局部淋巴回流受阻有关，通常3-5天自行消退。冰敷和头高位睡眠有助于缓解症状。极少数患者会出现移植区感觉异常，这与浅表神经末梢损伤相关，多数在3-6个月逐渐恢复。种植头发后存在10-15%的毛囊存活率不足现象，可能与毛囊离体时间过长或移植技术有关，必要时需二次补种。
术后1周内避免触碰移植区，使用医用洗发水轻柔清洗；1个月内禁止染烫、暴晒及剧烈运动；3个月内忌烟酒和辛辣食物。建议选择正规医疗机构进行手术，术前完善血常规、凝血功能等检查，术后按医嘱使用米诺地尔酊促进毛囊生长，定期复查评估成活率。日常可补充含锌、铁、维生素B族的食物如牡蛎、菠菜等，保证每日7-8小时睡眠有助于毛囊修复。