室间隔缺损和房间隔缺损是否严重需根据缺损大小及并发症判断，多数小型缺损可能自行闭合或无症状，大型缺损可能导致心力衰竭等严重问题。
小型室间隔缺损或房间隔缺损在婴幼儿期可能无明显症状，部分患儿缺损会随年龄增长自然闭合。这类患儿通常只需定期随访心脏超声，观察缺损变化情况。日常注意预防呼吸道感染，避免剧烈运动即可。中型缺损可能出现活动后气促、多汗、喂养困难等症状，需通过药物控制心功能，常用利尿剂如呋塞米片、地高辛片等改善心脏负荷。部分患者可能需介入封堵治疗，如使用室间隔缺损封堵器或房间隔缺损封堵伞。
大型缺损或合并肺动脉高压者属于严重情况，患儿易反复肺炎、生长发育迟缓，可能出现紫绀、杵状指等表现。未经治疗可能进展为艾森曼格综合征，此时需限制活动并接受靶向药物治疗，如波生坦片、西地那非片等降低肺动脉压力。终末期患者可能需心肺联合移植。合并感染性心内膜炎者需长期使用抗生素，如注射用青霉素钠预防感染。
确诊室间隔或房间隔缺损后应每3-6个月复查心脏超声，监测缺损变化及肺动脉压力。婴幼儿喂养时采用少量多次方式，选择高热量配方奶补充营养。学龄期儿童避免竞技性体育运动，但可进行散步、游泳等温和锻炼。保持口腔卫生预防感染性心内膜炎，进行牙科操作前需预防性使用抗生素。妊娠期患者需在心内科和产科共同监护下管理，重度肺动脉高压者禁忌妊娠。日常生活中出现呼吸困难加重、下肢水肿等症状时需立即就医。