病毒性脑炎的后遗症通常可以治疗，但恢复程度与后遗症类型、治疗时机及个体差异有关。主要干预方式包括康复训练、药物治疗、物理治疗等。
病毒性脑炎后遗症的治疗需根据具体症状制定方案。运动功能障碍可通过肢体康复训练改善，语言障碍需配合言语治疗师进行针对性练习。认知功能下降可尝试认知行为训练联合营养神经药物如甲钴胺片、胞磷胆碱钠胶囊等。癫痫发作后遗症需长期服用抗癫痫药物如左乙拉西坦片、丙戊酸钠缓释片控制。精神行为异常需心理干预联合奥氮平片等药物调节。
部分严重后遗症如持续性植物状态治疗难度较大，需依赖生命支持系统和促醒治疗。少数患者遗留的听力丧失或视力缺损可能无法完全逆转，但可通过助听器、视觉代偿训练提高生活质量。儿童患者神经可塑性较强，早期干预效果优于成人。
病毒性脑炎后遗症患者需保持规律作息和均衡饮食，适当补充优质蛋白与B族维生素。康复期间避免过度劳累，家属应协助记录症状变化并定期复查。心理支持对改善抑郁焦虑等情绪障碍尤为重要，可参与病友互助小组。若出现发热、抽搐加重等情况须立即就医。长期卧床者需预防压疮和肺部感染，每2小时翻身拍背一次。