胃肠镜检查过程中可能出现轻度不适，但多数患者可以耐受。检查前会使用麻醉药物减轻痛苦，检查后不适感通常很快消失。
胃肠镜检查时，内镜通过咽喉或肛门进入消化道，可能引发恶心、腹胀或轻微疼痛。咽喉部敏感者可能出现短暂呕吐反射，肠镜检查时充气扩张肠道可能产生胀痛感。现代内镜设备直径较细且柔软，配合麻醉药物可大幅降低不适。检查过程中医护人员会指导调整呼吸和体位，帮助缓解紧张情绪。部分患者术后可能出现短暂咽喉异物感或腹部隐痛，一般1-2小时内自行缓解。
少数对疼痛特别敏感或存在消化道畸形的患者，可能出现较强不适感。既往有消化道手术史、肠粘连或严重炎症者，检查难度可能增加。极度焦虑者可选择无痛胃肠镜，通过静脉麻醉实现全程无感。儿童、高龄或心肺功能不全者需由医生评估风险，必要时调整检查方案。
检查前3天应避免食用高纤维食物，前1天遵医嘱服用清肠药物。检查当日空腹4-6小时，穿着宽松衣物便于操作。术后2小时内禁食禁水，待咽喉麻醉感消失后先饮少量温水。24小时内避免驾驶、高空作业等需要高度集中注意力的活动。保持规律作息和清淡饮食有助于身体恢复，若出现持续腹痛、呕血或发热需立即就医。定期胃肠镜检查是预防消化道肿瘤的有效手段，建议40岁以上人群每3-5年检查一次。