胃间质瘤是一种具有潜在恶性的肿瘤，不属于传统意义上的癌症，但部分可能发展为恶性。治疗效果与肿瘤大小、位置、分裂指数等因素有关，早期发现并规范治疗多数预后较好。
胃间质瘤的生物学行为介于良恶性之间，其恶性程度通过核分裂象和肿瘤大小评估。直径小于2厘米且核分裂象少的肿瘤，经手术完整切除后复发概率较低。直径超过5厘米或核分裂象活跃的肿瘤，术后需结合靶向药物如伊马替尼片、舒尼替尼胶囊等辅助治疗，以降低复发风险。
极少数胃间质瘤可能对靶向药物产生耐药性，或初诊时已发生肝转移等远处扩散。此类情况需调整治疗方案，如换用瑞戈非尼片等二线药物，或联合介入栓塞、射频消融等局部治疗。但胃间质瘤的五年生存率仍显著高于胃癌等消化道恶性肿瘤。
确诊胃间质瘤后应定期进行胃镜和增强CT复查，监测肿瘤变化。日常饮食需避免辛辣刺激食物，选择易消化的优质蛋白如鱼肉、蛋清等。术后患者可进行散步等低强度运动促进胃肠功能恢复，但需避免腹部受压动作。若出现呕血、黑便等异常症状应立即就医。