甲状腺疾病多数可以治愈或有效控制，具体治疗效果与疾病类型、病程及治疗方式有关。常见的甲状腺疾病主要有甲状腺功能亢进症、甲状腺功能减退症、甲状腺炎、甲状腺结节等。
甲状腺功能亢进症通过抗甲状腺药物如甲巯咪唑片、丙硫氧嘧啶片等可控制症状，放射性碘治疗或手术切除甲状腺也可根治。甲状腺功能减退症需终身服用左甲状腺素钠片替代治疗，但症状可完全缓解。亚急性甲状腺炎多为自限性疾病，使用非甾体抗炎药如布洛芬缓释胶囊或短期糖皮质激素如泼尼松片可治愈。良性甲状腺结节若无症状可不治疗，恶性结节需手术联合放射性碘治疗。自身免疫性甲状腺炎如桥本甲状腺炎无法根治，但可通过药物维持甲状腺功能正常。
部分甲状腺癌早期患者通过手术和放射性碘治疗可获得长期生存。先天性甲状腺功能减退症患儿若出生后及时开始替代治疗，可避免智力发育障碍。碘缺乏性甲状腺肿通过补碘措施可完全恢复。药物性甲状腺功能异常在停用相关药物后多能自行缓解。妊娠期甲状腺功能异常在分娩后通常恢复正常。
甲状腺疾病患者应定期监测甲状腺功能指标，遵医嘱规范用药或接受治疗。保持均衡饮食，适量摄入含碘食物如海带、紫菜，避免过量摄入高碘或致甲状腺肿食物。规律作息，避免过度劳累和精神紧张。术后患者需注意伤口护理，按时复查甲状腺超声和功能。出现心悸、手抖、体重异常变化等症状时应及时就医调整治疗方案。