甲状腺功能减退症通常可以控制，但需要长期规范治疗。甲状腺功能减退症的治疗效果与病因、病情严重程度、治疗依从性等因素有关，多数患者通过药物替代治疗可维持正常生活。
甲状腺功能减退症的治疗核心是补充甲状腺激素，常用药物为左甲状腺素钠片，该药物需根据血液检查结果调整剂量。治疗初期需每4-6周复查甲状腺功能，稳定后可延长至6-12个月复查一次。部分由桥本甲状腺炎引起的甲状腺功能减退症可能伴随抗体水平升高，但抗体水平通常不需要作为治疗监测指标。碘缺乏导致的甲状腺功能减退症在补充碘剂后可能改善，但永久性甲状腺功能减退仍需终身服药。少数因垂体或下丘脑病变引起的继发性甲状腺功能减退症，需同时处理原发病。
先天性甲状腺功能减退症患儿若未及时治疗可能导致智力发育迟缓，需在出生后尽早开始治疗。亚临床甲状腺功能减退症是否需要治疗存在争议，通常TSH超过10mIU/L或合并心血管疾病等高危因素时建议干预。甲状腺手术后出现的甲状腺功能减退往往不可逆，需终身替代治疗。某些药物如锂剂、胺碘酮可能诱发甲状腺功能减退，停药后部分患者功能可恢复。极少数甲状腺功能减退危象属于内分泌急症，需住院紧急处理。
甲状腺功能减退症患者日常需保持均衡饮食，适量摄入含碘食物如海带紫菜，但避免过量补碘。规律作息有助于维持代谢稳定，冬季需注意保暖。建议每半年至一年检查甲状腺超声，监测甲状腺结构变化。运动选择低强度有氧运动为主，如散步、游泳等。出现乏力加重、浮肿明显等异常情况应及时复诊调整用药，不可自行增减药量。备孕或妊娠期女性需特别关注甲状腺功能，确保TSH控制在2.5mIU/L以下。