婴儿发烧可能会引起腹泻。发烧时胃肠功能可能受到影响，导致消化吸收障碍，部分患儿会出现腹泻症状。
婴儿发烧时体温升高会加速体内新陈代谢，胃肠蠕动可能增快，消化酶活性可能降低，容易出现大便次数增多、大便性状改变等表现。部分病毒或细菌感染引起的发热，病原体可能直接侵袭肠道黏膜，导致肠炎性腹泻，大便可能呈水样或蛋花汤样。
少数情况下，发热伴随的腹泻可能与用药有关。部分退热药物可能刺激胃肠黏膜，抗生素使用可能破坏肠道菌群平衡，这些因素都可能诱发或加重腹泻症状。高热惊厥患儿在抽搐时可能出现肛门括约肌松弛，导致大便失禁，但这不属于真正的腹泻。
家长发现婴儿发热伴腹泻时，应注意记录体温变化、腹泻次数及大便性状，保持臀部清洁干燥以防红臀。可少量多次喂服口服补液盐预防脱水，母乳喂养儿应继续哺乳，配方奶喂养儿可暂时改用无乳糖配方。避免自行使用止泻药物，若出现精神萎靡、尿量减少、血便等情况需立即就医。发热期间应保持室内通风，衣着适度，采用温水擦浴等物理降温方式时要注意保暖。