移植囊胚可能会发生宫外孕，但概率较低。宫外孕是指受精卵在子宫腔外着床发育，常见于输卵管。囊胚移植技术虽能降低宫外孕风险，但仍无法完全避免。
囊胚移植通过体外培养筛选优质胚胎，使其更接近自然妊娠的着床阶段，从而减少胚胎在输卵管停留的时间。统计显示，囊胚移植后宫外孕发生率约为1%-3%，显著低于卵裂期胚胎移植的3%-5%。这与囊胚直接植入子宫腔、减少输卵管迁移环节有关。但若患者存在输卵管炎症、粘连或既往宫外孕史，风险仍会升高。
极少数情况下，囊胚可能因子宫收缩或内膜异常被推至输卵管。胚胎自身游走能力异常或医生操作失误也可能导致异位着床。这类情况多伴随血HCG上升缓慢、阴道不规则出血等症状，需通过超声和血HCG监测确诊。
接受囊胚移植后应遵医嘱定期监测血HCG水平，移植后2-3周进行阴道超声检查确认孕囊位置。若出现下腹剧痛、肩部放射痛或晕厥等宫外孕破裂症状，须立即就医。日常避免剧烈运动和重体力劳动，保持均衡饮食，适当补充叶酸和维生素E有助于维持内膜容受性。心理上需避免过度焦虑，宫外孕早期通过甲氨蝶呤注射液或腹腔镜手术可有效干预，后续仍可尝试再次移植。