肠镜检查过程中可能出现轻度不适，但多数患者可以耐受。检查前会使用镇静药物减轻痛苦，具体感受因人而异。
肠镜检查的不适感主要来源于肠镜通过肠道弯曲部位时的牵拉感，可能引起短暂腹胀或隐痛。现代医疗普遍采用静脉麻醉或无痛技术，患者在睡眠状态下完成检查，全程无感知。对于选择普通检查者，医生会通过调整进镜速度和注气量来减少刺激，配合深呼吸可有效缓解紧张。检查后可能出现轻微肛门不适或排气增多，通常1-2小时自行消失。检查过程中如出现持续剧烈疼痛，医生会立即停止操作并评估原因。
少数肠道结构异常或既往腹部手术史的患者，可能因肠粘连增加操作难度。炎症性肠病急性期、肠梗阻等特殊情况会加重检查不适感，这类患者需提前告知医生病史。儿童、高龄或痛觉敏感人群建议优先选择无痛肠镜。精神高度焦虑者可通过心理疏导配合药物镇静完成检查。
检查前3天应进食低渣饮食，前1天服用清肠药物做好肠道准备，避免残留粪便影响观察。检查当天需有家属陪同，穿着宽松衣物便于操作。术后2小时内禁食，待麻醉完全消退后从流质饮食逐渐过渡到正常饮食。24小时内避免驾驶或高空作业，出现持续腹痛、便血等异常情况需及时就医。定期肠镜检查是结直肠癌筛查的重要手段，建议50岁以上人群每5-10年检查一次。