胃镜检查的伤害通常较小，属于低风险医疗操作。胃镜可能引起短暂咽喉不适或轻微黏膜损伤，但严重并发症概率极低。
胃镜检查过程中，内镜通过口腔进入食管和胃部时，可能因机械刺激导致咽喉部轻微疼痛或异物感，这种不适一般在检查后几小时内自行缓解。部分受检者可能出现短暂恶心或呕吐反射，与内镜接触喉部敏感区域有关。检查时充气扩张胃腔可能引发腹胀，但气体在检查结束后会逐渐排出。极少数情况下，操作不当或患者配合度差可能导致黏膜擦伤，表现为短暂隐痛或少量出血，通常无须特殊处理可自愈。检查后饮食恢复不当可能加重不适，建议遵循医嘱逐步过渡到正常饮食。
胃镜并发症如穿孔或大出血的发生率不足千分之一，多见于原有溃疡、肿瘤等病变基础或操作技术异常时。高龄、凝血功能障碍或胃肠结构异常者风险略高，需提前评估。麻醉相关风险如呼吸抑制多见于基础疾病未控制者，专业团队可有效防范。检查后持续胸痛、呕血或高热需立即就医排除罕见并发症。
检查前空腹8小时以上可减少呕吐风险，术后2小时待咽喉麻醉消退后进食温凉流质。长期服用抗凝药者需提前调整用药方案。选择正规医疗机构和专业医师操作能最大限度保障安全。胃镜对早期胃癌、食管癌等疾病的诊断价值远高于其潜在风险，高危人群应定期筛查。