新生儿衣原体肺炎首选大环内酯类抗生素治疗，常用药物包括阿奇霉素干混悬剂、红霉素肠溶片、克拉霉素片等。该病主要由沙眼衣原体感染引起，需在医生指导下规范用药，避免自行调整剂量。
1、阿奇霉素干混悬剂
阿奇霉素干混悬剂通过抑制病原体蛋白质合成发挥作用，对沙眼衣原体有较强抗菌活性。该药半衰期长，每日单次给药即可维持有效血药浓度。可能出现胃肠反应，用药期间需监测肝功能。新生儿使用需严格遵医嘱计算体重剂量。
2、红霉素肠溶片
红霉素肠溶片作为经典大环内酯类药物，能有效穿透肺组织达到抑菌浓度。需注意该药可能引起QT间期延长等心脏不良反应，用药期间避免与特非那定等药物联用。早产儿使用时需根据胎龄调整给药间隔。
3、克拉霉素片
克拉霉素片抗菌谱覆盖非典型病原体，生物利用度较高。常见不良反应包括味觉异常和头痛，严重肝功能不全患儿需减量。该药代动力学特点适合新生儿每日两次给药方案，但具体用法需由儿科医生评估决定。
4、支持治疗
维持水电解质平衡对重症患儿尤为重要，可静脉补充葡萄糖电解质溶液。氧疗适用于血氧饱和度低于90%的病例，采用鼻导管或头罩给氧。呼吸道管理包括定期吸痰和体位引流，必要时进行雾化吸入治疗。
5、监测护理
治疗期间需每日记录体温、呼吸频率等生命体征，定期复查胸片评估肺部病变吸收情况。母乳喂养应继续维持，喂养时采取半卧位防呛咳。接触患儿前后需严格执行手卫生，避免交叉感染。
新生儿衣原体肺炎患儿应保持病房温度24-26℃，湿度50%-60%以利于呼吸道分泌物排出。家长需观察患儿有无呼吸暂停、发绀等危重征兆，所有治疗药物必须由医护人员配置给药。出院后需按时复查，避免去人群密集场所，接触者应同步进行衣原体筛查。