肠套叠灌肠复位后存在一定复发概率，复发率与患儿年龄、病程长短、肠道基础病变等因素相关。肠套叠复发主要与肠道淋巴组织增生、病毒感染、肠蠕动异常等因素有关，可通过超声监测、饮食调整等措施降低风险。
婴幼儿肠道发育不完善是复发的主要诱因。灌肠复位后肠壁水肿未完全消退时，异常肠蠕动可能再次引发套叠。部分患儿存在梅克尔憩室、肠息肉等先天结构异常，这类病例复发率相对较高。病毒感染导致的肠系膜淋巴结肿大会增加局部阻力，在肠蠕动过程中形成套叠起点。术后早期喂养不当如过早摄入固体食物，可能刺激尚未恢复的肠管。
少数患儿可能存在肠道神经节细胞发育异常等特殊病因，这类情况即使反复灌肠复位仍会频繁复发。肠旋转不良等解剖学变异会导致肠系膜附着异常，使肠管活动度增大而更易套入。过敏性紫癜继发的肠壁血肿可能成为新发套叠的起点。部分复发案例与复位时未完全解除套叠部肠管扭转有关。
建议灌肠复位后24小时内进行超声复查确认复位效果，初期选择流质饮食并逐步过渡到低渣食物。家长需密切观察腹痛、呕吐、血便等复发征兆，出现异常应及时就医。对于反复复发患儿，腹腔镜探查可明确是否存在需手术处理的器质性病变。日常注意预防肠道感染，避免进食后剧烈运动。