附睾囊肿通常可以治愈，具体治疗方式取决于囊肿大小、症状严重程度以及是否伴随其他并发症。附睾囊肿的治疗方法主要有观察随访、药物治疗、穿刺抽液、手术治疗等。多数情况下无症状的小囊肿无须特殊干预，症状明显或持续增大时需医疗干预。
体积较小且无不适症状的附睾囊肿可能长期稳定存在，无须治疗，仅需定期复查超声监测变化。此类囊肿多由附睾管局部阻塞导致液体潴留形成，常见于青壮年男性，通常不影响生育功能。日常应避免会阴部外力撞击或长时间压迫，减少久坐、骑行等可能加重局部充血的活动。
伴随疼痛或感染症状的囊肿可遵医嘱使用头孢克肟分散片、左氧氟沙星片等抗生素控制炎症，或配合布洛芬缓释胶囊缓解疼痛。若囊肿短期内迅速增大或引发严重坠胀感，可能需在超声引导下行穿刺抽液术，抽吸囊液后注入硬化剂防止复发。对于反复发作、直径超过3厘米或疑似恶变的囊肿，腹腔镜下囊肿切除术是根治性方案，术后需保持伤口清洁干燥并避免剧烈运动1个月。
附睾囊肿治愈后应每年进行一次阴囊超声检查，日常注意会阴部清洁卫生，选择宽松透气的棉质内裤。避免过度劳累和长时间憋尿，适量增加冬瓜、薏仁等利水食物的摄入有助于预防复发。若出现阴囊红肿热痛或排尿异常等症状，需及时就医排除其他泌尿系统疾病。