甲状腺功能减退甲减对胎儿的影响可从轻度发育迟缓到严重智力障碍不等，具体取决于母亲病情的控制情况。未经控制的甲减可能导致胎儿神经系统发育异常、低出生体重、早产甚至死胎。
妊娠期母体甲状腺激素不足会直接影响胎儿脑发育，尤其在妊娠前12周胎儿甲状腺未形成时，完全依赖母体供应的甲状腺激素。轻度甲减可能仅表现为胎儿生长速度略低于正常水平，出生后追赶生长即可。中度甲减可能造成新生儿暂时性甲状腺功能异常或轻度认知功能落后。重度未控制的甲减则与克汀病相关，表现为不可逆的智力低下、身材矮小及特殊面容。
妊娠合并甲减的特殊情况包括母体存在甲状腺过氧化物酶抗体阳性时，即使甲状腺功能在正常范围，也可能增加流产和早产概率。部分亚临床甲减孕妇若合并其他高危因素，如高龄妊娠或多囊卵巢综合征，胎儿发生先天性甲状腺功能减退的概率会升高。极少数情况下，母体甲状腺阻断抗体会通过胎盘，导致新生儿一过性甲状腺功能亢进。
建议所有备孕女性及妊娠早期孕妇筛查甲状腺功能，确诊甲减者需在医生指导下调整左甲状腺素钠片剂量，维持促甲状腺激素在妊娠各期特定目标范围内。定期监测甲状腺功能、均衡摄入碘元素、避免自行停药是保障胎儿正常发育的关键措施。产后仍需关注新生儿甲状腺筛查结果，部分先天性甲状腺功能减退患儿需终生替代治疗。