甲状腺功能减退症通常无法彻底治愈，但可通过药物替代治疗长期控制症状。甲状腺功能减退症的治疗方式主要有左甲状腺素钠片、甲状腺片等药物替代治疗，以及定期监测甲状腺功能、调整生活方式等综合管理措施。
甲状腺功能减退症多数由自身免疫性甲状腺炎、甲状腺手术或放射性治疗导致甲状腺组织破坏引起，需终身服用左甲状腺素钠片等药物补充甲状腺激素。药物剂量需根据甲状腺功能检查结果调整，维持促甲状腺激素在正常范围内。部分亚急性甲状腺炎或产后甲状腺炎引起的暂时性甲状腺功能减退可能随原发病恢复而缓解，但需密切随访避免复发。
极少数因碘缺乏导致的甲状腺功能减退，在碘营养状况改善后可能恢复正常功能。先天性甲状腺功能减退患儿需在出生后立即开始治疗，可避免智力发育障碍，但仍需长期用药。甲状腺癌术后患者接受促甲状腺激素抑制治疗时，需平衡肿瘤复发风险与甲状腺功能状态。
甲状腺功能减退症患者应保证均衡饮食，适量摄入海带紫菜等含碘食物，避免过量十字花科蔬菜影响碘吸收。规律作息、适度运动有助于改善代谢状态，冬季需注意保暖。每3-6个月复查甲状腺功能，出现心悸、多汗等药物过量症状或乏力、水肿等剂量不足表现时及时就医调整治疗方案。