乙脑减毒活疫苗的不良反应主要包括局部红肿、发热、皮疹、头痛、乏力等轻微症状，极少数可能出现过敏反应或神经系统异常。乙脑减毒活疫苗是预防流行性乙型脑炎的有效手段，不良反应多为暂时性且可自行缓解。
接种后24小时内可能出现注射部位红肿、疼痛或硬结，通常1-3天消退。部分受种者会出现低热，体温多在37.5-38.5摄氏度，持续1-2天可自行恢复。少数人接种后3-7天可能出现散在皮疹，不伴瘙痒，无需特殊处理。头痛、食欲减退、轻微乏力等全身反应也较常见，适当休息后多能缓解。
极少数情况下可能出现速发型过敏反应，表现为面部水肿、呼吸困难或血压下降，需立即就医处理。罕见神经系统异常如高热惊厥、脑炎综合征等，发生率极低但需及时医疗干预。免疫功能低下者接种后可能出现疫苗相关脑炎，表现为持续发热、意识障碍或抽搐，需住院治疗。
接种后应在现场留观30分钟，出现严重过敏反应可及时处理。发热超过38.5摄氏度可物理降温，避免使用阿司匹林类药物。保持接种部位清洁干燥，避免抓挠。若出现持续高热、精神萎靡、抽搐等症状，应立即就医。日常注意补充水分，避免剧烈运动，观察3天内症状变化。孕妇、免疫缺陷患者及对疫苗成分过敏者应禁用该疫苗。