肛瘘通常可通过肛门指检、肛门镜检查、磁共振成像、超声检查、瘘管造影等方式确诊。肛瘘多由肛周脓肿破溃后形成，临床表现为肛门周围反复流脓、疼痛、瘙痒及硬结。
1、肛门指检
医生通过戴手套的手指触诊肛门周围，可发现肛瘘外口位置、瘘管走向及内口大致范围。典型体征为触及条索状硬结从外口通向肛管，按压可能有脓液溢出。该方法简便但受操作者经验影响，对高位复杂肛瘘诊断价值有限。
2、肛门镜检查
通过肛门镜直观观察肛管齿状线附近有无充血、糜烂或脓性分泌物，寻找内口位置。部分患者可见肉芽组织增生或瘘管内口呈凹陷状。检查时可能需配合亚甲蓝染色，有助于显示瘘管走行路径。
3、磁共振成像
MRI能清晰显示肛瘘的解剖结构，包括主管道、分支瘘管与肛门括约肌的关系，准确率较高。T2加权像上瘘管呈高信号，增强扫描可区分活动性炎症与纤维化组织。适用于复杂性肛瘘术前评估。
4、超声检查
经肛门超声采用高频探头探查瘘管走向，可测量瘘管深度及与括约肌的距离。超声图像中瘘管表现为低回声条索，伴周围组织增厚。具有无辐射、可重复操作的优势，但对操作者技术要求较高。
5、瘘管造影
从外口注入造影剂后拍摄X线片，可显示瘘管全程形态及与直肠的连通情况。适用于简单低位肛瘘，但可能因脓液堵塞导致假阴性。检查前需清洁瘘管，造影剂可能引发短暂胀痛感。
确诊肛瘘后应避免久坐压迫患处，保持肛门清洁干燥，每日可用温水坐浴缓解不适。饮食需增加膳食纤维摄入预防便秘，减少辛辣刺激食物。急性发作期需及时就医，根据瘘管类型选择挂线疗法、瘘管切开术或生物补片修复等治疗方式，术后定期复查防止复发。