流脑疫苗的不良反应主要包括局部红肿、发热、食欲减退、皮疹以及乏力等。接种后多数症状轻微且可自行缓解，极少数可能出现严重过敏反应。
接种部位可能出现红肿、硬结或疼痛，通常持续1-2天消退，可用干净毛巾冷敷缓解。部分接种者会出现37.5-38.5℃的低热，多发生在接种后6-8小时，适当补充水分并休息后体温可逐渐恢复正常。短暂食欲下降常见于婴幼儿群体，建议少量多餐喂养易消化食物。少数人皮肤会出现散在红色丘疹，无瘙痒感时无须特殊处理。全身乏力或肌肉酸痛症状多在24小时内减轻。
严重过敏反应如呼吸困难、面部肿胀或持续性高热需立即就医。有癫痫病史、免疫缺陷疾病或对疫苗成分过敏者接种前应告知医生。接种后需留观30分钟，72小时内避免剧烈运动，出现异常症状及时联系接种单位。保持接种部位清洁干燥，发热超过38.5℃可遵医嘱使用退热药。
流脑疫苗是预防流行性脑脊髓膜炎的有效手段，接种后注意观察身体反应，清淡饮食并保证充足休息。若出现持续呕吐、意识模糊等神经系统症状应立即急诊处理。接种记录应妥善保存以备后续免疫程序参考。