生理盐水洗鼻通常无明显副作用，但操作不当可能引发鼻腔刺激、鼻出血、中耳炎、过敏反应或感染等风险。
生理盐水洗鼻液浓度与人体体液渗透压相近，正确使用时对鼻腔黏膜无刺激。冲洗压力过大或频率过高可能损伤鼻黏膜毛细血管，导致短暂鼻出血，尤其多见于鼻腔干燥或存在炎症者。冲洗时头部姿势错误可能使液体流入咽鼓管，增加中耳压力诱发中耳炎，儿童因咽鼓管结构特点更需注意。部分人群对含防腐剂的市售盐水溶液过敏，表现为鼻腔灼热感或皮疹，使用前应查看成分表。重复使用未彻底消毒的洗鼻器具可能滋生细菌，引发鼻窦继发感染，建议每次使用后晾干并定期煮沸消毒。
日常护理建议选择0.9%无菌生理盐水，水温保持37℃接近体温。冲洗时身体前倾45度，张口呼吸避免憋气，水流强度以自然流入鼻腔为宜。鼻腔术后或急性炎症期患者应咨询医生后再行操作。出现持续鼻塞、耳闷胀感或发热症状需及时就诊，排查是否合并鼻窦炎或中耳感染。婴幼儿洗鼻需使用专用球形吸引器，由家长控制冲洗量和角度。