龟头流黄脓伴小便疼痛可能由淋病奈瑟菌感染、非淋菌性尿道炎、包皮龟头炎、尿路感染、前列腺炎等原因引起，需通过实验室检查明确诊断后针对性治疗。
1、淋病奈瑟菌感染
淋病奈瑟菌感染引起的淋病是常见性传播疾病，表现为尿道口流黄绿色脓性分泌物，排尿时有灼烧感。尿道分泌物涂片可见革兰阴性双球菌。治疗需遵医嘱使用注射用头孢曲松钠、盐酸大观霉素注射液等抗生素，性伴侣需同步治疗。急性期需避免性生活，保持会阴部清洁干燥。
2、非淋菌性尿道炎
衣原体或支原体感染导致的非淋菌性尿道炎，可出现白色或淡黄色稀薄分泌物，常伴尿频尿急。尿道拭子核酸检测可确诊。可选用阿奇霉素分散片、盐酸多西环素片等药物，治疗期间应禁止饮酒。患者内衣需高温消毒，避免交叉感染。
3、包皮龟头炎
包皮过长者易发细菌性或真菌性包皮龟头炎，局部可见红肿、糜烂及脓性分泌物。需用高锰酸钾溶液浸泡清洗，真菌感染可涂抹硝酸咪康唑乳膏。反复发作者建议行包皮环切术，日常需注意翻开包皮彻底清洁。
4、尿路感染
大肠杆菌等细菌上行感染可引起尿道炎，出现脓尿及排尿刺痛。尿常规检查可见白细胞升高。可选用盐酸左氧氟沙星胶囊、磷霉素氨丁三醇散等抗菌药物，治疗期间每日饮水2000毫升以上，促进细菌排出。
5、前列腺炎
急性细菌性前列腺炎可出现尿道脓性分泌物，伴随会阴部胀痛。前列腺液检查可见大量白细胞。需选用穿透前列腺包膜的药物如盐酸坦索罗辛缓释胶囊、前列舒通胶囊等，配合温水坐浴缓解症状。避免久坐和辛辣饮食。
出现上述症状需立即就医，采集分泌物进行病原体培养和药敏试验。治疗期间禁止性生活，避免骑自行车等压迫会阴部的活动。每日更换纯棉内裤并用沸水烫洗，饮食宜清淡多饮水。配偶或性伴侣应同步检查治疗，治愈前严格使用避孕套。若出现发热、腰酸痛等全身症状提示感染扩散，需住院静脉用药。