新生儿脑炎的治疗效果与病情严重程度、病原体类型及治疗时机有关，早期规范治疗多数可有效控制。
新生儿脑炎若由细菌感染引起且及时使用抗生素，如注射用头孢曲松钠、注射用青霉素钠等，配合降颅压、营养支持等综合治疗，通常预后较好。病毒感染导致的脑炎需根据具体病原体选择抗病毒药物，如更昔洛韦注射液，部分轻症病例经积极干预可完全康复。早产儿或合并严重并发症时可能出现后遗症，需长期康复训练。
少数重症病例因延误诊治或存在耐药菌感染、多器官衰竭等情况，可能遗留神经系统损伤。先天性免疫缺陷患儿合并脑炎时治疗难度显著增加，需个体化方案。部分罕见病原体如单纯疱疹病毒引起的脑炎病死率较高，需在出生后立即启用强效抗病毒治疗。
家长发现新生儿出现发热、拒奶、嗜睡或抽搐等症状时应立即就医。治疗期间须严格遵医嘱用药，维持适宜环境温度，采用少量多次喂养方式。康复期定期随访脑电图、听力及运动功能评估，必要时进行早期干预训练以改善预后。