川崎病可能会留后遗症，但多数患儿经规范治疗后预后良好。后遗症风险主要与冠状动脉损伤程度、治疗时机及个体差异有关，常见后遗症包括冠状动脉扩张、心肌缺血等。
川崎病急性期若未及时接受静脉注射免疫球蛋白治疗，约15%-25%的患儿可能出现冠状动脉病变。轻度冠状动脉扩张通常可在1-2年内自行恢复，期间需定期复查心脏超声。部分患儿可能出现短暂性心肌酶升高或心包积液，这些改变多在急性期结束后逐渐消退。对于及时接受标准治疗的患儿，发生严重后遗症的概率可降至5%以下。
少数重症患儿可能遗留永久性冠状动脉瘤，需长期服用阿司匹林肠溶片预防血栓。极个别病例因冠状动脉狭窄可能需进行冠状动脉搭桥手术。合并巨瘤的患儿远期需警惕心肌梗死风险，这类患儿应避免剧烈运动并终身随访。部分研究提示川崎病可能与成年后早发动脉粥样硬化存在关联，但尚需更多证据支持。
患儿确诊后应严格遵医嘱完成全程治疗，急性期后第1年每3-6个月复查心脏超声，2年内避免接种活疫苗。日常注意观察有无胸痛、面色苍白等异常，保持低盐低脂饮食。家长需建立详细的医疗档案，记录每次复查的冠状动脉内径数据，便于医生动态评估病情进展。