胰腺囊肿的预后差异较大，主要取决于囊肿性质、大小及是否合并并发症。良性囊肿经规范治疗后通常预后良好，恶性囊肿或伴有胰管梗阻、感染时预后较差。
单纯性胰腺囊肿多为良性病变，体积较小且无临床症状时，定期随访观察即可。这类囊肿生长缓慢，极少恶变，患者生存质量不受影响。黏液性囊腺瘤等癌前病变通过手术完整切除后，复发概率较低，五年生存率较高。部分假性囊肿在胰腺炎控制后可自行吸收，无须特殊干预。
恶性胰腺囊肿如导管内乳头状黏液性肿瘤伴浸润癌，即使手术切除后仍存在转移风险。合并主胰管扩张或胆道梗阻的囊肿易引发胰腺功能不全、营养不良等远期并发症。囊肿继发感染可能导致脓毒症，需紧急引流和抗感染治疗。高龄、基础疾病多的患者预后相对更差。
胰腺囊肿患者应每3-6个月复查超声或CT，监测囊肿变化。日常需戒烟限酒，采用低脂高蛋白饮食，避免暴饮暴食加重胰腺负担。出现持续性腹痛、黄疸、体重骤降等症状时须及时就诊。