先天性尿道下裂通常可以治愈，主要通过手术治疗矫正尿道开口异常。治疗效果与畸形严重程度、手术时机及术后护理密切相关。
轻度尿道下裂患者通过一次手术即可完成尿道重建，常见术式包括尿道成形术、尿道口前移术等，术后排尿功能与外观接近正常。手术时机建议在患儿6-18月龄进行，此时组织可塑性强且能减少心理影响。术后需保持会阴清洁，使用抗生素软膏预防感染，并定期复查尿道通畅度。多数患儿术后1-3个月可恢复自主排尿，远期并发症概率较低。
重度尿道下裂可能需分期手术，首次手术矫正阴茎弯曲畸形，二期再进行尿道重建。部分复杂病例可能伴随尿道瘘、尿道狭窄等并发症，需通过尿道扩张术或二次修补术处理。术后需长期随访监测排尿情况，少数患者成年后可能需心理干预改善性功能焦虑。合并隐睾或腹股沟疝者需同期进行相关手术。
建议患儿出生后尽早就诊小儿泌尿外科，由专业团队评估制定个体化治疗方案。术后家长应记录患儿排尿频率、尿线粗细及有无疼痛，避免使用刺激性洗剂。日常选择宽松棉质内衣减少摩擦，学龄期儿童需关注心理疏导。多数患者经规范治疗后能获得良好生活质量，但需注意青春期阴茎发育情况。