川崎病引起的冠状动脉损伤多数情况下可以恢复，但恢复程度与损伤严重程度、治疗时机等因素有关。冠状动脉损伤可能表现为冠状动脉扩张、冠状动脉瘤等，及时规范治疗有助于改善预后。
川崎病急性期通过静脉注射免疫球蛋白联合阿司匹林治疗，可显著降低冠状动脉损伤的发生概率。早期诊断并接受规范治疗的患儿，轻度冠状动脉扩张通常在发病后1-2年内逐渐恢复正常。部分患儿可能出现冠状动脉壁回声增强等改变，这些病变往往在随访过程中逐渐消退。冠状动脉内径轻度增宽的患儿，经过长期随访观察，多数不会遗留永久性血管异常。
少数病情严重或治疗不及时的患儿可能遗留冠状动脉瘤等永久性病变。巨大冠状动脉瘤患儿发生冠状动脉狭窄、血栓形成的风险较高，需要长期抗凝治疗。部分患儿可能因冠状动脉严重狭窄导致心肌缺血，需考虑介入治疗或冠状动脉搭桥手术。极少数患儿可能因心肌梗死等严重并发症遗留心功能不全，需要终身随访管理。
川崎病患儿确诊后应定期进行心脏超声、心电图等检查，监测冠状动脉病变变化情况。日常生活中需避免剧烈运动，保持均衡饮食，控制血压、血脂水平。家长需遵医嘱给患儿规范用药，密切观察有无胸痛、呼吸困难等症状，发现异常及时就医。通过规范治疗和科学管理，大多数冠状动脉损伤患儿可获得良好预后。