卵巢巧克力囊肿一般不能自愈，建议及时就医治疗。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现，主要由子宫内膜组织异位生长到卵巢引起，通常表现为痛经、盆腔疼痛、月经异常等症状。
卵巢巧克力囊肿属于病理性的囊肿，异位的子宫内膜组织会随着月经周期发生出血，血液在卵巢内积聚形成囊肿。囊肿内的陈旧性血液类似巧克力样外观，故称为巧克力囊肿。这种囊肿无法通过自身吸收或消退，若不及时干预，可能逐渐增大并引发盆腔粘连、不孕等问题。部分患者可能因囊肿破裂导致急性腹痛，需紧急处理。
极少数情况下，绝经后女性随着雌激素水平下降，异位内膜组织可能萎缩，囊肿有缩小可能，但这不属于自愈范畴。妊娠期间高孕激素状态可能暂时抑制囊肿发展，但产后仍可能复发。目前没有证据表明巧克力囊肿可完全自行消失，医学干预是必要的治疗手段。
确诊卵巢巧克力囊肿后，医生会根据患者年龄、症状严重程度、生育需求等制定个体化方案。药物治疗常用孕激素类药物如地诺孕素片、促性腺激素释放激素激动剂如亮丙瑞林微球，或短效避孕药如屈螺酮炔雌醇片。手术治疗可选择腹腔镜下囊肿剥除术或卵巢切除术。术后需长期管理预防复发，定期复查超声监测病情。日常应避免剧烈运动以防囊肿破裂，保持规律作息，均衡饮食有助于控制病情进展。