霉菌感染通常可以治愈，并非终身无法根治。霉菌感染的治疗效果与感染部位、患者免疫状态、用药依从性等因素相关，规范治疗下多数患者可获得痊愈。
浅表性霉菌感染如足癣、体癣等，通过外用抗真菌药物如硝酸咪康唑乳膏、联苯苄唑乳膏、特比萘芬喷雾剂等，配合保持患处清洁干燥，通常1-2个月可治愈。阴道念珠菌感染使用克霉唑阴道片、制霉菌素栓剂等局部用药，或氟康唑胶囊口服治疗，多数患者用药3-7天症状明显缓解。皮肤黏膜部位的霉菌感染复发概率较低，完成疗程后注意个人卫生即可有效预防。
深部或系统性霉菌感染如肺曲霉病、隐球菌脑膜炎等，需长期使用两性霉素B注射液、伏立康唑片、卡泊芬净注射液等抗真菌药物，治疗周期可能长达数月甚至数年。免疫功能低下者如艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂人群，可能出现治疗困难或反复感染，需在控制基础疾病的前提下持续抗真菌治疗。此类情况需定期监测真菌学指标，调整用药方案。
霉菌感染治愈后应避免诱发因素，如穿透气衣物、减少抗生素滥用、控制血糖等。出现可疑症状时及时就医进行真菌涂片或培养检查，避免自行用药导致耐药性。免疫功能正常者遵医嘱完成疗程后，通常无须担心终身不愈问题。