附子理中丸和桂附理中丸的主要区别在于成分和适应证，两者均可用于脾胃虚寒证，但桂附理中丸因含肉桂而更适用于肾阳不足伴脾胃虚寒者。
一、成分差异
附子理中丸由附子、党参、白术、干姜、甘草组成，核心功效为温中健脾。桂附理中丸在此基础上增加肉桂，形成附子、肉桂、党参、白术、干姜、甘草的配伍，肉桂的加入增强了温补肾阳的作用。两种中成药均以附子为君药，但桂附理中丸通过肉桂强化了温补肾阳的功效。
二、适应证区别
附子理中丸适用于单纯脾胃虚寒引起的脘腹冷痛、呕吐泄泻、手足不温。桂附理中丸除上述症状外，更针对脾肾阳虚证，常见症状包括腰膝酸软、四肢厥冷、夜尿频多等肾阳不足表现。对于同时存在脾胃虚寒和肾阳不足的患者，桂附理中丸更为对症。
三、作用强度差异
因肉桂具有补火助阳作用，桂附理中丸的整体温阳效力强于附子理中丸。临床用于治疗慢性腹泻时，肾阳虚明显者用桂附理中丸效果更佳。但需注意，体质偏热或阴虚火旺者均禁用这两种药物，避免加重热象。
四、现代应用区别
附子理中丸现代多用于急慢性胃肠炎、功能性消化不良属脾胃虚寒者。桂附理中丸还常用于肠易激综合征腹泻型、慢性结肠炎等兼有肾阳虚表现者。两种药物均需在中医师辨证指导下使用，不可自行判断证型。
五、使用禁忌差异
两者均忌用于实热证患者，但桂附理中丸因含肉桂，孕妇慎用程度更高。服药期间均需忌食生冷，附子理中丸建议饭后服用减轻胃肠刺激，桂附理中丸可于晨起空腹服用以增强温阳效果。
使用前建议由中医师进行体质辨证，根据具体症状选择合适药物。服药期间注意观察是否出现口干舌燥、心烦发热等不良反应，长期使用需监测肝肾功能。脾胃虚寒者可配合艾灸中脘、足三里等穴位增强疗效，肾阳虚者建议冬季减少生冷食物摄入。