小肠镜和肠镜在检查范围、适用疾病及操作方式上存在明显区别。肠镜通常指结肠镜，主要用于检查直肠和结肠；小肠镜则专门检查小肠，可分为胶囊内镜和双气囊小肠镜两种形式。
结肠镜通过肛门插入带有摄像头的软管，可观察直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠及升结肠的病变，适用于筛查结直肠癌、息肉、炎症性肠病等。检查前需严格清洁肠道，过程中可能需注气扩张肠腔以便观察，患者常需采取左侧卧位。小肠镜分为经口或经肛途径，双气囊小肠镜利用交替充气的气囊推进内镜，能覆盖全部小肠，适用于不明原因消化道出血、克罗恩病、小肠肿瘤等诊断。胶囊内镜则需吞服微型摄像头，无创但无法取活检。小肠镜检查前准备更复杂，可能需联合上下消化道清洁。
两种检查在设备构造上也有不同。结肠镜长度约1.6米，前端可多角度弯曲；双气囊小肠镜长约2米，配有外套管和注气系统。结肠镜检查通常20-40分钟完成，小肠镜可能需1-3小时。并发症方面，结肠镜多见穿孔、出血风险；小肠镜因操作时间长，更易发生黏膜损伤。从禁忌证看，肠梗阻患者禁用胶囊内镜，严重心肺疾病者慎用双气囊小肠镜。
选择检查方式需根据疑似病变部位决定。若出现便血、腹泻等症状，医生会结合临床表现判断优先检查结肠或小肠。检查后均应观察有无腹痛、便血等异常，小肠镜检查后需确认胶囊是否排出。日常需注意饮食卫生，避免肠道感染，40岁以上人群建议定期进行结直肠癌筛查。