胃肠道间质瘤能否痊愈需根据肿瘤性质、分期及治疗反应综合判断，早期局限性肿瘤通过手术切除可能实现临床治愈，晚期或高危患者需长期药物控制。
局限性胃肠道间质瘤未发生转移时，完整手术切除是主要治疗手段。肿瘤直径小于2厘米且核分裂象少的低危患者，术后五年生存率较高，部分患者可达到临床治愈标准。术后需定期复查胃镜、CT及PET-CT监测复发迹象，前两年每3-6个月随访一次。中高危患者术后需接受伊马替尼等靶向药物辅助治疗1-3年，可显著降低复发概率。基因检测发现KIT外显子11突变者对药物反应较好。
已发生转移或无法手术的晚期患者，靶向药物治疗可使肿瘤缩小或稳定。约半数患者对伊马替尼产生耐药后需换用舒尼替尼、瑞戈非尼等二线药物。部分局限转移灶经药物缩小后可获得二次手术机会。极少数患者出现广泛转移或耐药突变时预后较差，需尝试临床试验新药或联合治疗方案。肿瘤位置特殊如十二指肠或直肠时，手术难度增加可能影响根治效果。
患者应保持低脂高蛋白饮食，避免辛辣刺激食物加重胃肠负担。术后恢复期采用少食多餐原则，适当补充维生素D和钙剂预防骨质疏松。靶向治疗期间需定期监测肝功能、血常规，出现水肿或皮疹应及时就医调整剂量。建议加入患者互助组织获取心理支持，避免过度焦虑影响治疗效果。所有患者均应建立终身随访计划，通过规范治疗多数可获得长期生存。