胆总管结石手术风险程度与患者基础疾病、结石大小及手术方式有关，多数情况下属于可控的常规手术。胆总管结石手术方式主要有腹腔镜胆总管探查术、内镜逆行胰胆管造影术等。
胆总管结石手术在技术成熟的医疗机构开展时安全性较高。腹腔镜手术创伤较小，术后恢复较快，常见风险包括出血、胆漏或轻微腹痛，多数患者术后3-5天可恢复饮食。内镜手术通过自然腔道操作，更适合高龄或合并基础疾病患者，可能出现十二指肠乳头水肿或短暂性淀粉酶升高，通常1-2周内可自行缓解。两种术式均需预防性使用抗生素，术后需留置引流管观察胆汁性状。
存在严重胆管炎、肝硬化门静脉高压或凝血功能障碍时手术风险增加。急性化脓性胆管炎患者若未及时控制感染，术中可能出现感染性休克。既往有上腹部手术史者可能面临腹腔粘连问题，需中转开腹手术。极少数情况下可能发生胆管损伤或胰腺炎，需二次干预处理。
术后需保持引流管通畅，避免剧烈运动，遵医嘱逐步恢复低脂饮食。出现持续发热、黄疸加重或剧烈腹痛应及时复诊。建议术前完善肝功能、凝血功能及影像学评估，术后定期复查腹部超声监测结石复发情况。