感染HPV后部分情况可以自愈，具体与病毒亚型、机体免疫力等因素相关。低危型HPV感染引起的皮肤黏膜病变可能自行消退，高危型持续感染需医学干预。
低危型HPV如6型、11型常引发生殖器疣等良性病变，免疫系统正常者可能在6-12个月内通过自身免疫清除病毒，疣体可能逐渐脱落。此过程伴随局部上皮细胞更新代谢，病毒载量会随角质层脱落自然降低。部分患者可能出现病变反复，但总体预后良好。保持会阴清洁干燥、避免搔抓可促进恢复。
高危型HPV如16型、18型与宫颈癌等恶性肿瘤相关，持续感染超过2年者自愈概率显著降低。病毒DNA整合入宿主细胞后，可能导致宫颈上皮内瘤变等癌前病变。此类情况需通过阴道镜活检评估，必要时采用激光消融或宫颈锥切术治疗。免疫功能低下者更易出现持续感染，需定期进行TCT和HPV联合筛查。
建议所有HPV感染者保持规律作息、均衡摄入富含维生素A/C的深色蔬菜水果，适度运动增强免疫力。性活跃人群应使用避孕套降低传播风险，女性建议每3-5年进行宫颈癌筛查。出现异常阴道分泌物或接触性出血时，应及时至妇科或皮肤性病科就诊。