小耳畸形可能会遗传，但遗传概率较低。小耳畸形可能与遗传因素、孕期环境因素、药物影响等有关，建议有家族史者进行产前咨询。
小耳畸形属于先天性耳廓发育异常，部分病例存在家族聚集现象。若父母一方或双方携带相关基因突变，可能通过常染色体显性遗传或隐性遗传方式传递给后代。目前已知与GSC、HOXA2等基因突变相关，这类遗传因素占比不足20%。孕期接触辐射、病毒感染、服用致畸药物等环境因素更常见，如妊娠早期感染风疹病毒或使用维A酸类药物可能导致胚胎耳部发育障碍。部分综合征型小耳畸形如半侧颜面短小症、Treacher Collins综合征等具有明确遗传性。
散发性小耳畸形占多数，这类病例通常无家族遗传史，多由胚胎发育第6-8周时第一、二鳃弓血供异常或细胞凋亡失衡导致。环境因素中，妊娠糖尿病、叶酸缺乏、重金属暴露等也可能干扰耳廓形态建成。有研究显示同卵双胞胎共同发病概率显著高于异卵双胞胎，提示遗传与环境存在交互作用。
建议计划怀孕的夫妇进行遗传咨询，孕期避免接触致畸原并规范补充叶酸。若已生育小耳畸形患儿，可通过耳模矫正、肋软骨移植等手术重建耳廓形态，最佳干预时间为6-10岁。新生儿应完成听力筛查，合并中耳畸形者需早期佩戴骨导助听器促进语言发育。