宫颈癌疫苗二价和四价的主要区别在于预防的HPV病毒型别不同，二价疫苗可预防HPV16和18型，四价疫苗在此基础上增加了HPV6和11型的预防。两种疫苗均需接种三剂，适用于9-45岁女性，但四价疫苗还可用于男性预防生殖器疣。
二价疫苗针对的是导致70%以上宫颈癌的高危型HPV16和18型，其佐剂系统能产生更强的免疫应答，保护效果可持续较长时间。四价疫苗除覆盖上述两种高危型别外，还包含导致90%生殖器疣的低危型HPV6和11型，具有更广谱的防护范围。两种疫苗在预防宫颈癌方面的效果相当，均能显著降低癌前病变发生率。接种后常见不良反应包括注射部位疼痛、红肿，全身反应如发热、头痛等，四价疫苗因覆盖型别更多，局部反应发生率略高。
二价疫苗采用AS04佐剂系统，对HPV16/18型抗体水平提升更显著，尤其适合以预防宫颈癌为主要目标的接种者。四价疫苗采用铝佐剂，在男性群体中可有效预防肛门生殖器疣和肛门上皮内瘤变。对于已有性生活的女性，两种疫苗仍具有保护作用，但最佳接种时机为首次性行为前。特殊人群如免疫功能低下者接种后抗体水平可能较低，需咨询医生评估。
接种后仍需定期进行宫颈癌筛查，因疫苗不能预防所有高危型HPV感染。妊娠期应避免接种，若接种期间发现怀孕应暂停后续剂次。哺乳期女性接种安全性数据有限，需权衡利弊。两种疫苗不能互换使用，全程接种应选择同一价型。既往对疫苗成分过敏或患有急性严重发热性疾病时应推迟接种。