轻度脑炎可能会有后遗症，但概率较低。轻度脑炎的后遗症主要有头痛、记忆力减退、情绪障碍、肢体功能障碍、癫痫发作等，具体表现与脑炎累及部位及治疗及时性有关。
多数轻度脑炎患者经规范治疗后不会遗留明显后遗症。脑炎早期症状如发热、头痛、恶心等经抗病毒或抗感染治疗后可完全缓解。部分患者可能出现短暂性注意力不集中或疲劳感，通常在1-3个月内自行恢复。营养神经药物如甲钴胺片、胞磷胆碱钠胶囊等有助于促进神经修复，但需在医生指导下使用。
少数患者可能出现持续性后遗症，常见于治疗不及时或存在基础疾病者。颞叶受累可能导致长期记忆力下降，脑干损伤可引发吞咽困难，运动皮层炎症可能遗留轻度肢体无力。此类情况需联合神经康复治疗，如认知训练、经颅磁刺激等。若出现癫痫发作，需长期服用左乙拉西坦片、奥卡西平片等抗癫痫药物控制。
建议患者出院后定期复查脑电图与头颅核磁共振，避免熬夜、饮酒等诱发因素。饮食可增加深海鱼、坚果等富含欧米伽3脂肪酸的食物，配合适度有氧运动促进功能恢复。出现头痛加重或新发症状时应及时就诊神经内科。