婴儿一般无须常规补充益生菌，但在出现胃肠功能紊乱等特定情况时可在医生指导下使用。益生菌主要用于改善消化不良、腹泻、便秘、肠绞痛、抗生素相关性腹泻等问题。
1、消化不良
婴儿消化系统发育不完善可能导致奶瓣增多、腹胀等症状。母乳喂养的婴儿通常无须额外补充益生菌，配方奶喂养者可选择含益生菌的奶粉。若症状持续，可遵医嘱使用枯草杆菌二联活菌颗粒等调节肠道菌群。
2、腹泻
轮状病毒感染或细菌性肠炎引起的腹泻，可能出现水样便、发热等症状。此时可配合补液治疗，在医生指导下使用双歧杆菌三联活菌散等益生菌制剂帮助恢复肠道微生态平衡。
3、便秘
功能性便秘的婴儿表现为排便困难、大便干结。除调整饮食结构外，可短期使用酪酸梭菌二联活菌散等促进肠蠕动。需注意排除先天性巨结肠等器质性疾病。
4、肠绞痛
婴儿肠绞痛多与肠道菌群失衡相关，表现为固定时段哭闹、蹬腿等。罗伊氏乳杆菌滴剂可能缓解症状，但需配合腹部按摩、飞机抱等物理干预。
5、抗生素相关性腹泻
使用抗生素后可能出现腹泻、黏液便等菌群失调表现。可在用药2小时后补充布拉氏酵母菌散等益生菌，需与抗生素间隔服用以保证菌株活性。
健康婴儿的肠道菌群会自然建立平衡，无须刻意补充益生菌。母乳中的低聚糖本身就是天然益生元，能促进双歧杆菌等有益菌生长。若需使用益生菌制剂，应选择国家批准用于婴幼儿的菌株，避免选择含蔗糖、乳糖等添加剂的品种。家长需注意观察婴儿大便性状、食欲及精神状态变化，出现持续腹泻、血便、呕吐等情况应及时就医。日常可通过抚触按摩促进胃肠蠕动，避免过度消毒破坏环境微生物接触机会。