灌肠退热通常不被推荐用于婴幼儿发热治疗，可能引起肠道菌群紊乱、电解质失衡或肠黏膜损伤。婴幼儿发热处理应优先选择物理降温或口服退热药物。
灌肠退热通过直肠给药虽能快速吸收，但婴幼儿肠道黏膜娇嫩，操作不当易导致机械性损伤。常用退热药物如对乙酰氨基酚栓剂可能因剂量控制不准引发药物过量，且直肠给药生物利用度个体差异大。灌肠操作还可能破坏肠道正常菌群平衡，增加继发感染风险，部分儿童会出现腹痛、腹泻等不良反应。
特殊情况下如严重呕吐无法口服药物时，医生可能考虑灌肠给药，但需严格把控适应症。灌肠液温度过高可能烫伤肠黏膜，过低则可能诱发肠痉挛。部分基层医疗机构使用的灌肠退热方剂未通过儿童用药安全性评价，存在未知药理风险。灌肠过程中若消毒不彻底，还可能引发逆行性感染。
儿童发热期间应保持室内通风，适当减少衣物促进散热，体温超过38.5℃可遵医嘱使用对乙酰氨基酚混悬液或布洛芬混悬液。家长需密切观察患儿精神状态，出现持续高热、抽搐或意识改变应立即就医。不建议自行采用酒精擦浴或冰敷等刺激性物理降温方式，更应避免非必要灌肠操作。