宫颈癌疫苗通常采用肌肉注射，一般选择上臂三角肌部位进行接种。肌肉注射有助于疫苗成分缓慢释放并激发更强的免疫反应，皮下注射可能影响疫苗吸收效果。
宫颈癌疫苗通过肌肉注射可确保药物充分进入肌肉组织，该部位血管丰富且远离主要神经，能减少局部疼痛和不良反应风险。疫苗所含佐剂在肌肉中能更有效激活抗原提呈细胞，促进抗体生成。临床数据显示肌肉注射后产生的抗体滴度更高且维持时间更久，对高危型人乳头瘤病毒的保护效果更显著。接种时需使用23号或25号针头垂直进针，推注后需按压止血但无须特殊处理。
皮下注射虽可用于部分减毒活疫苗，但宫颈癌疫苗作为重组蛋白疫苗采用该方式可能导致吸收不完全。脂肪层血管分布较少会使疫苗扩散速度减慢，可能影响免疫应答效率。少数采用皮下接种的案例报告显示局部硬结发生率略高，抗体阳转率较肌肉注射低。特殊情况下如凝血功能障碍患者若必须皮下注射，需由专业人员在腹部或大腿前侧实施并密切观察反应。
接种后24小时内应避免剧烈运动以减少局部红肿，观察30分钟无过敏反应方可离开。完成三剂全程接种后仍需定期进行宫颈癌筛查，疫苗不能替代常规防癌检查。出现持续发热或注射部位化脓需及时就医，接种期间发现怀孕应暂停后续剂次。