疱疹性口腔炎与咽峡炎的主要区别在于病变部位、病原体及典型症状。疱疹性口腔炎由单纯疱疹病毒1型感染引起，病变集中于口腔黏膜；咽峡炎多由柯萨奇病毒A组导致，主要累及咽峡部。两者均可表现为发热、疼痛，但疱疹性口腔炎以牙龈充血、口腔溃疡为特征，咽峡炎则以咽部充血、疱疹性咽峡炎为典型表现。
疱疹性口腔炎常见于婴幼儿，初期表现为牙龈红肿出血，随后口腔黏膜出现簇状小水疱，破溃后形成浅表溃疡，可伴有明显口臭和流涎。病变多局限于唇、颊、舌等口腔部位，少数可能扩散至口周皮肤。咽峡炎患者则以突发高热起病，咽峡部黏膜出现灰白色疱疹，周围绕以红晕，疱疹破溃后形成溃疡，常伴有吞咽困难。部分患者可能出现手足臀部皮疹，提示手足口病可能。
疱疹性口腔炎具有较强传染性，主要通过唾液接触传播，病程约7-10天。咽峡炎传染期集中在发病初期，经粪口或呼吸道传播，症状多在3-6日内消退。两者均需对症处理，但疱疹性口腔炎可能需抗病毒治疗，咽峡炎通常无须特殊用药。免疫缺陷患者发生疱疹性口腔炎时可能出现严重并发症，而咽峡炎极少引起重症。
患者应保持口腔清洁，疱疹性口腔炎可用生理盐水漱口，咽峡炎建议温凉流质饮食。避免辛辣刺激食物，注意隔离防止交叉感染。儿童患者需监测体温变化，出现持续高热、拒食或精神萎靡时应及时就医。恢复期需保证充足水分摄入，适当补充维生素B族和维生素C有助于黏膜修复。日常需加强洗手卫生，婴幼儿用品应定期消毒。