甲亢恶性突眼通常难以完全治愈，但可通过综合治疗控制症状并改善外观。治疗方式主要有免疫抑制剂治疗、眼眶减压手术、放射治疗、糖皮质激素冲击治疗、眼眶局部注射治疗等。
甲亢恶性突眼是Graves眼病的严重表现，与自身免疫反应导致眼眶内组织炎症和纤维化有关。免疫抑制剂如环孢素软胶囊可抑制异常免疫反应，减轻眼眶炎症。眼眶减压手术通过扩大骨性眼眶容积缓解视神经压迫，适用于视力急剧下降者。放射治疗能减少眼眶成纤维细胞增殖，但可能引起放射性视网膜病变。大剂量甲泼尼龙注射液冲击治疗可快速缓解急性期水肿和充血。曲安奈德注射液局部注射能靶向抑制眼眶软组织增生，但需重复进行。
患者需严格戒烟并避免二手烟，烟草会加剧眼眶炎症进展。日常佩戴墨镜可缓解畏光症状，睡眠时抬高床头有助于减轻晨起眼睑水肿。使用人工泪液预防角膜干燥，定期眼科随访监测视力变化。饮食应限制碘盐和海产品摄入，保证优质蛋白如鸡蛋、瘦肉补充营养。避免剧烈运动导致眼压升高，可进行散步等低强度活动。若出现复视加重或视力模糊需立即就医。