氨糖软骨素可能出现胃肠不适、过敏反应、血糖波动等副作用，但多数人群耐受性良好。氨糖软骨素是氨基葡萄糖和硫酸软骨素的复合制剂，主要用于骨关节炎的辅助治疗，其副作用主要与个体差异、用药剂量、药物成分等因素有关。
部分人群服用氨糖软骨素后可能出现恶心、腹胀、腹泻等胃肠不适症状，这与药物刺激胃肠黏膜或个体对硫酸软骨素敏感有关。症状通常较轻微，可通过餐后服药或减少剂量缓解。少数对甲壳类过敏者可能出现皮肤瘙痒、皮疹等过敏反应，需立即停药并就医。氨糖软骨素中的氨基葡萄糖可能影响胰岛素敏感性，糖尿病患者长期使用需监测血糖变化。极少数情况下可能引发头痛、嗜睡或肝酶轻度升高，但停药后可恢复。
氨糖软骨素与抗凝血药物联用可能增加出血风险，与四环素类抗生素同服可能影响后者吸收。孕妇、哺乳期妇女及严重肝肾功能不全者应避免使用。对甲壳类海鲜过敏或哮喘患者需谨慎评估过敏风险。若长期服用超过3个月仍无改善，建议重新评估用药必要性。
使用氨糖软骨素期间应避免饮酒及高脂饮食，以免加重胃肠负担。建议配合适度运动如游泳、骑自行车等低冲击性活动，有助于改善关节功能。日常可增加富含维生素C的蔬菜水果及优质蛋白摄入，促进软骨修复。出现持续腹痛、黄疸或严重过敏反应时须立即就医，不建议自行调整剂量或与其他关节保健品叠加使用。