光子嫩肤可能出现暂时性红肿、色素沉着、干燥脱皮等副作用，但通常可自行缓解。光子嫩肤属于非剥脱性光疗，其副作用主要与操作规范、个体肤质及术后护理有关。
治疗后皮肤可能出现轻微红肿或灼热感，多在数小时内消退。部分人群因光热作用刺激黑色素细胞，导致治疗后1-2周出现反黑现象，常见于黄褐斑患者或术后未严格防晒者。少数敏感肌可能因能量过高出现局部水疱，需及时冷敷处理。干性皮肤人群治疗后易出现脱屑，与光热作用加速角质代谢有关。极少数情况下可能激活潜在病毒感染，如单纯疱疹复发。
术后需连续3天使用医用冷敷贴镇静皮肤，避免热水洗脸和用力揉搓。治疗前后1个月须严格防晒，优选物理防晒霜配合遮阳帽。治疗间隔应超过28天，全年累计治疗不超过5次。痤疮活跃期、光敏性疾病患者以及妊娠期女性不建议接受治疗。如出现持续红肿疼痛或水疱破溃，应及时回诊处理。