沙眼衣原体阳性是否严重需结合感染部位和症状判断，多数情况下通过规范治疗可治愈，但未及时干预可能引发并发症。
泌尿生殖系统感染是沙眼衣原体阳性的常见表现，患者可能出现尿道分泌物增多、排尿疼痛或下腹隐痛等症状。这类感染可通过阿奇霉素片、多西环素片、左氧氟沙星片等抗生素治疗，同时性伴侣需同步筛查。若仅存在于眼部则表现为沙眼，典型症状为眼睑结膜滤泡增生和黏液脓性分泌物，使用红霉素眼膏或利福平滴眼液可有效控制。早期干预下，这两种情况通常不会造成严重后果。
当感染扩散至盆腔或引发反应性关节炎时，病情相对严重。女性可能出现输卵管炎导致不孕，男性可发生附睾炎影响生育功能。妊娠期感染还可能引起早产或新生儿结膜炎。这类情况需延长抗生素使用周期，必要时联合糖皮质激素治疗。免疫缺陷患者更易出现反复感染或全身播散，需强化抗感染方案并监测肝肾功能。
保持个人卫生习惯可降低传播风险，治疗期间避免性接触直至复查转阴。定期妇科检查或泌尿科随访有助于发现无症状感染。出现异常分泌物、持续疼痛或视力模糊时应及时就医，切勿自行购买抗生素使用。