肛瘘不治可能导致感染扩散、肛门功能受损或诱发癌变。肛瘘是肛周脓肿破溃后形成的异常管道，长期不处理会引发局部反复感染、肛门失禁等并发症。
肛瘘未治疗时，瘘管可能持续分泌脓液或粪便，导致肛周皮肤长期受刺激出现湿疹、瘙痒甚至溃烂。细菌可能沿瘘管向深部组织蔓延，引发肛周蜂窝织炎或坐骨直肠窝脓肿，表现为发热、剧烈疼痛和局部红肿。部分患者因反复炎症导致肛门括约肌损伤，出现排便控制能力下降，严重时可能完全失禁。病程超过10年的复杂性肛瘘存在恶变风险，可能发展为肛管鳞状细胞癌。
极少数高位肛瘘可能穿透直肠壁形成直肠阴道瘘或直肠膀胱瘘，造成阴道异常排粪、泌尿系统感染。免疫力低下者可能发生坏死性筋膜炎，需紧急清创手术。先天性肛瘘患儿长期不治疗可能影响肛门发育，导致排便功能障碍。
建议肛瘘患者尽早就医，通过肛瘘切除术、挂线疗法等手术方式根治。术后需保持肛门清洁，避免久坐和辛辣饮食，定期复查防止复发。出现发热、肛门剧烈疼痛或排便困难时需立即就诊。