肺部微创手术后可能出现术后疼痛、肺部感染、气胸、胸腔积液、肺功能暂时性减退等后遗症。多数后遗症可通过规范护理和及时干预得到缓解，少数情况需进一步治疗。
术后疼痛是肺部微创手术最常见的后遗症，多因肋间神经刺激或胸壁组织损伤引起，表现为切口周围隐痛或牵拉感，一般持续3-7天。咳嗽或深呼吸时疼痛可能明显，可通过医生建议的镇痛药物如布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片等控制。肺部感染多因术后排痰不畅导致，表现为发热、咳嗽加重或脓痰，需使用头孢克肟分散片、阿莫西林克拉维酸钾片等抗生素治疗，配合雾化吸入和体位引流。气胸通常因肺组织微小破损引起，术后1-2天内可能出现胸闷、呼吸急促，少量气胸可自行吸收，中大量需胸腔闭式引流。胸腔积液多为反应性渗出，术后1周内多见，少量积液无须处理，中大量积液需穿刺抽液。肺功能暂时性减退与手术创伤相关，表现为活动后气促，通常2-4周逐渐恢复，可通过呼吸训练改善。
少数患者可能出现支气管胸膜瘘、持续性肺不张等严重并发症。支气管胸膜瘘表现为持续咳嗽、咳脓血痰，需手术修补。持续性肺不张多因痰栓阻塞支气管，需纤维支气管镜吸痰处理。术后心律失常多见于原有心脏疾病患者，可能需抗心律失常药物如盐酸胺碘酮片干预。长期慢性疼痛可能与肋间神经损伤有关，需神经阻滞或药物控制。极少数出现手术切口愈合不良，需清创和抗感染治疗。
术后应保持切口清洁干燥，避免剧烈咳嗽和重体力活动1个月内。遵医嘱进行腹式呼吸训练和咳嗽排痰练习，每日2-3次，帮助肺复张。饮食选择高蛋白食物如鱼肉、蛋类，搭配新鲜蔬菜水果促进组织修复。术后1个月、3个月需复查胸部CT评估恢复情况，出现持续发热、呼吸困难加重或咯血等症状应立即就医。吸烟患者须严格戒烟，避免接触二手烟和污染空气，降低肺部刺激。