新生儿房间隔缺损和室间隔缺损有自愈可能，具体与缺损大小、位置及是否合并其他畸形有关。小型缺损自愈概率较高，中型缺损可能随生长发育部分闭合，大型缺损通常需医疗干预。
房间隔缺损中卵圆孔未闭型在出生后1-2年内自然闭合概率较高，继发孔型小型缺损约半数可在18月龄前闭合。室间隔缺损的膜周型和小型肌部缺损自愈率可达30-50%，多发生在2岁前。自愈机制与心脏组织生长覆盖缺损、三尖瓣隔瓣粘连等因素相关。这类患儿需定期复查心脏超声，观察期间注意预防呼吸道感染，避免剧烈哭闹增加心脏负担。
大型缺损或合并肺动脉高压、心功能不全者自愈可能性极低。干下型室间隔缺损几乎不能自愈，部分肌部缺损可能持续存在。若缺损导致生长发育迟缓、反复肺炎或心脏扩大，需在1-3岁择期手术。介入封堵术适用于特定类型缺损，外科手术可修补复杂畸形。未自愈的患儿成年后可能出现心律失常、艾森曼格综合征等并发症。
建议每3-6个月复查心脏超声监测缺损变化，喂养时采用少量多次方式减轻心脏负荷，接种疫苗预防感染。若出现呼吸急促、多汗、吃奶中断等症状需及时就诊。母乳喂养有助于婴儿免疫系统发育，护理时保持环境温度适宜，避免缺氧发作。