室间隔缺损3毫米通常属于小型缺损，多数情况下不严重，部分患者可能自行闭合。室间隔缺损的严重程度主要与缺损大小、位置、是否合并其他心脏畸形等因素有关。
小型室间隔缺损对心脏血流动力学影响较小，患者可能无明显症状或仅表现为轻微活动后气促。心脏杂音可能是唯一体征，生长发育通常不受影响。部分患者在儿童期可能随心脏生长而缺损自然闭合，无需特殊治疗。定期心脏超声检查是监测缺损变化的主要手段，建议每6-12个月复查一次。
少数情况下3毫米室间隔缺损可能引起感染性心内膜炎风险增高，需在牙科手术等有创操作前预防性使用抗生素。若伴随肺动脉高压、反复呼吸道感染或影响生长发育时，可能需要手术干预。膜周部缺损较肌部缺损更易合并主动脉瓣脱垂等并发症。
保持适度运动有助于心肺功能锻炼，但应避免剧烈竞技性运动。注意口腔卫生可降低感染性心内膜炎风险。若出现活动耐力下降、反复肺炎等症状应及时就医。母乳喂养的婴儿需保证充足营养摄入以促进生长发育，疫苗接种应按计划完成。