脑干出血后遗症能否恢复需根据出血量、损伤程度及康复干预效果综合判断，部分功能可能通过积极治疗得到改善。
脑干出血后遗症的恢复程度与出血部位和范围密切相关。若出血量较少且未累及关键神经核团，患者通过早期康复训练可能恢复吞咽、语言等功能。高压氧治疗可促进受损神经修复，配合物理治疗改善肢体运动障碍。营养神经药物如甲钴胺片、胞磷胆碱钠胶囊有助于神经功能重建，但需在医生指导下使用。针灸和中医推拿对缓解肌张力异常有一定帮助，需由专业医师操作。
当出血量超过3毫升或损伤延髓生命中枢时，可能出现长期意识障碍或呼吸功能障碍，这类情况恢复概率较低。严重后遗症如持续性球麻痹会导致终身吞咽困难，需依赖鼻饲管进食。双侧锥体束完全损伤引起的四肢瘫痪通常难以逆转，仅能通过康复器械维持关节活动度。合并脑积水或继发脑干萎缩的患者预后更差，后期可能出现不可逆的植物状态。
脑干出血后3-6个月是黄金康复期，建议在病情稳定后尽早开始阶梯式康复计划。家属需协助患者进行每日被动关节活动，预防肌肉萎缩和深静脉血栓。饮食应提供高蛋白、高维生素的流质食物，必要时采用肠内营养制剂。定期复查头颅CT评估脑水肿消退情况，神经功能缺损持续超过1年者恢复可能性显著降低。