颅脑磁共振平扫MR平扫通常是无创且安全的检查手段，但可能存在极少数潜在风险或不适。主要涉及造影剂过敏、幽闭恐惧症反应等特殊情况，常规检查对多数人群无直接危害。
颅脑MR平扫不使用电离辐射，避免了X线或CT检查的辐射暴露风险。检查过程中可能因磁场作用产生局部发热感，但设备严格限制能量输出，不会造成组织损伤。部分受检者在密闭空间内可能出现焦虑或幽闭恐惧症状，可通过开放式磁共振设备或心理疏导缓解。金属植入物患者需提前告知医生，避免磁场干扰导致设备移位或功能异常，但现代植入物多采用非磁性材料，风险已显著降低。
含钆造影剂可能引发过敏反应，发生率极低且多为轻度皮肤症状，严重过敏或肾源性系统性纤维化仅见于肾功能严重受损者。妊娠期妇女虽无明确禁忌，但除非必要会尽量避免早期妊娠检查。婴幼儿检查需配合镇静剂，可能引发呼吸抑制等药物相关风险，需专业团队监护。
检查后无须特殊护理，建议检查前去除所有金属物品并如实告知病史。对存在严重肾功能不全、金属植入物或造影剂过敏史者，医生会评估替代方案。若检查后出现皮疹、呼吸困难等异常，应及时就医处理。